A CSAKOSZ-t 2002-ben alapították Nagy Lajos (a PTE) és Ilyés István (a DE) családorvosi tanszékeinek professzorai azzal a céllal, hogy új lendületet adjanak a magyar alapellátási kutatásoknak. Fontosnak tartották, hogy más, nálunk fejlettebb alapellátással rendelkező országokhoz hasonlóan Magyarországon is koordinált tudományos vizsgálatok történjenek a szakmailag igényesebb, a tudományos munka iránt fogékonyabb háziorvosok részvételével.

A CSAKOSZ „kemény magját” a 4 hazai orvosképző egyetem családorvosi tanszékeinek oktatói és oktató háziorvosai adják. Sokan közülük, - főleg az idősebbek, - részt vettek a korábban eredményes tudományos rendezvényeket szervező MÁOTE életében is.

Az első CSAKOSZ kongresszust 2002-ben Pécset, a másodikat 2003-ban Debrecenben rendezték, amelyet a 2004-es budapesti, majd a 2005-ös szegedi követett. Ez a sorrend és körforgás azóta hagyománnyá vált a 4 egyetem között. A szervezet első elnöke Nagy Lajos professzor volt (2002-2005), őt Ilyés István (2005-2008), majd Kalabay László (SE) professzorok követték, ő 2008 és 2014 között két ciklusban vezette a szervezetet. A 2014-es pécsi közgyűlésen Rurik Imre (DE) professzort választották meg elnöknek, aki 2017-ben újabb 3 évre bizalmat kapott. A Győrben megtartott XIX. kongresszuson a 2020-2023 közötti időszakra Varga Albert professzort (SzTE) választották a CSAKOSZ elnökévé.

Nem hivatalos nyilvántartás szerint, a hazai alapellátásban 2016-ig 22-en szereztek tudományos fokozatot, közülük 17 tagja a CSAKOSZ-nak. Korábban nyolc körzeti orvos ért el kandidátusi fokozatot, majd a minősítési rendszer megváltozása után a többi háziorvos már a PhD címet kapta meg. Rajtuk kívül több, a tudományos fokozatot klinikai szakterületen elérő kollega is az alapellátásba került, emelve annak tudományos színvonalát. A CSAKOSZ által összegyűjtött adataik megtalálhatók a honlap KUTATÁS oldalán.

A CSAKOSZ alapszabályában is deklarált célja a magyar alapellátás szakmai színvonalának tudományos alapokon nyugvó folyamatos emelése, beleértve a minőségbiztosítás, a betegbiztonság, ellátásszervezés, a szakorvosképzés és a továbbképzés területét is. Szakmai és szervezeti kereteket kíván adni az ezeken a területeken folyó kutatásoknak, bátorítani és áttekinthető pályázati alapon támogatni az erre motivált kollegákat, különös figyelemmel a fiatalabb, az utánpótlást jelentő generációkra. Szakmai rendezvényein, éves kongresszusain előadási lehetőséget biztosít a kutatási eredmények egymással való megismertetésére, az orvostudomány fejlődésének nyomon követésére.