Az MST legmagasabb kitüntetése a Balassa János Emlékérem. Az érmet évente a Társaság egy tagja kaphatja meg, aki kiemelkedő sebészi pályafutása során sokat tett a magyar sebészetért, tudományos minősítéssel rendelkezik. A díjazandó személyére javaslatot tenni jogosult az MST valamennyi tagja. A következő évi kitüntetett személyére a javaslatokat - indoklással együtt - kell írásban vagy e-mailben eljuttatni az MST főtitkárának.